Het Tweede Vaticaans Concilie gaf een belangrijke impuls aan de bezinning binnen de Rooms-Katholieke Kerk op de relatie met het Jodendom. Het concilie aanvaardde het document ”Nostra Aetate” (In onze tijd), dat afstand neemt van de vervangingstheologie en stelt dat de Joden niet verantwoordelijk kunnen worden gesteld voor de kruisdood van Jezus. Ook keurden de conciliegangers antisemitisme af.

Vooral paus Johannes Paulus II (1978–2005) heeft zich bijzonder ingezet voor verbetering van de relatie met de Joden. Zo bracht hij in 1986 een bezoek aan de synagoge van Rome. Tijdens zijn reis naar Israël in 2000 ging hij in gebed bij de Klaagmuur. In de gebedstekst op het briefje dat hij naar Joods gebruik in een spleet van de muur legde, vroeg hij God om vergiffenis voor het lijden van de Joden.

Toch vinden er onder Johannes Paulus II en zijn opvolger Benedictus XVI diverse incidenten plaats die de relatie tussen de Rooms-Katholieke Kerk en de Joden onder druk zetten.

Klooster bij Auschwitz

1984-1993: in 1984 stichten karmelietessen een klooster in het theater van het vroegere concentratiekamp Auschwitz. Belgische Joden ontdekken het gebouw bij toeval. Het Joods Wereldcongres eist dat het gebouw wordt verplaatst naar een plaats buiten Auschwitz, maar de zusters en de Poolse kerk voelen daar niets voor. Onder druk van onder anderen de uit Polen afkomstige paus Johannes Paulus II vertrekken de zusters. In 1993 wordt het klooster gesloten.

Bezoek aan Nederland

1985: de Joodse kerkgenootschappen gaan niet in op de uitnodiging voor een ontmoeting met paus Johannes Paulus II tijdens diens bezoek aan Nederland. Zij vinden dat het Vaticaan zich onvoldoende distantieert van het beleid van paus Pius XII in de Tweede Wereldoorlog. Ook de weigering van het Vaticaan de staat Israël te erkennen speelt een rol.

Erkenning Israël

1993: Het Vaticaan erkent de staat Israël. Sinds de oprichting van Israël in 1948 heeft het tot verontwaardiging van veel Joden geweigerd de Joodse staat te erkennen. Eerst zou een goede regeling voor de Palestijnen tot stand moeten komen. De Osloakkoorden maken erkenning mogelijk. Johannes Paulus II bezoekt in 2000 Israël.

Tridentijnse mis

2007: Paus Benedictus XVI herstelt de Tridentijnse mis in ere, de mis die tijdens het concilie van Trente (1545-1563) ontstond. In die mis, na het Tweede Vaticaans Concilie grotendeels door de mis in de volkstaal vervangen, zit op Goede Vrijdag, de dag dat christenen de dood van Jezus Christus herdenken, een gebed voor de bekering van de Joden. Joodse organisaties dringen aan op een andere tekst.

Zaligverklaring Pius XII

2008: De zaligverklaring van paus Pius XII wordt uitgesteld, totdat er meer duidelijkheid is over diens rol in de Tweede Wereldoorlog. De paus wordt verweten dat hij te weinig heeft gedaan om de moord op miljoenen Joden te verhinderen. Het zaligverklaringsproces begon in 1967 en is voortdurend een bron van conflict tussen de Rooms-Katholieke Kerk en de Joden geweest.

Richard Williamson

24 januari 2009: Paus Benedictus XVI heft de excommunicatie van bisschop Richard Williamson op. Die loochent het bestaan van gaskamers in de naziconcentratiekampen.

Het Nederlands-Israëlisch Kerkgenootschap (NIK) meldt „ongelukkig” te zijn met de rehabilitatie van Williamson. Directeur Ronny Naftaniel van het Centrum Informatie en Documentatie over Israël (CIDI) noemt de beslissing van de paus „ongelofelijk” en „schokkend.”

26 januari: De Nederlandse bisschoppen nemen afstand van de „respectloze” uitspraken van Williamson.

28 januari: Het opperrabbinaat in Israël schort de betrekkingen met het Vaticaan op. Het neemt niet deel aan een nieuwe ronde in het overleg tussen Joden en rooms-katholieken, dat begin maart in Vaticaanstad zou plaatshebben, meldt de krant The Jerusalem Post.

„Zonder een publieke verontschuldiging en een intrekking van die maatregel zal het moeilijk zijn de dialoog voort te zetten”, laat de directeur van het opperrabbinaat weten aan het Vaticaan.

Paus Benedictus XVI bevestigt op dezelfde dag „zijn volledige en onbetwistbare solidariteit met de Joden.” In zijn toespraak tijdens de wekelijkse algemene audiëntie zegt hij dat de poging om de Joden in de Tweede Wereldoorlog uit te roeien een waarschuwing voor alle mensen blijft.

Bisschop Williamson zegt dat hij bij zijn uitspraken blijft.